Mondragon Unibertsitatea hiru ikastegik osatzen dute: Goi Eskola Politeknikoak, Enpresa Zientzien Fakultateak eta Humanitate eta Hezkuntza Zientzien Fakultateak. Goi Eskola Politeknikoak 2 campus dauzka, bata Arrasaten eta bestea Ordizian; Enpresa Zientzien Fakultateak 2 campus dauzka, bata Oñatin eta bestea Irunen; eta Hezkuntza Zientzien Fakultateak campus bat dauka Eskoriatzan.